RNase H wujud secara meluas, dan wujud dalam semua domain kehidupan. Keluarga ini tergolong dalam superkeluarga enzim nuklease yang lebih besar[7][8] dan dianggap kuno dalam evolusi.[54] Dalam genom prokariot, pelbagai gen RNase H sering wujud, tetapi terdapat sedikit korelasi antara kejadian gen HI, HII dan HIII kepada hubungan filogenetik keseluruhan, menunjukkan bahawa pemindahan gen mendatar mungkin memainkan peranan dalam mewujudkan taburan enzim ini. RNase HI dan HIII jarang atau tidak pernah muncul dalam genom prokariot yang sama. Apabila genom organisma mengandungi lebih daripada satu gen RNase H, ia kadangkala mempunyai perbezaan yang ketara dalam tahap aktiviti. Pemerhatian ini telah dicadangkan untuk mencerminkan corak evolusi yang mengurangkan pelewahan berfungsi di kalangan gen RNase H.[6][31] RNase HIII yang unik kepada prokariot mempunyai taburan taksonomi yang berselerak, dan terdapat dalam kedua-dua bakteria dan arkea;[31] ia dipercayai telah menyimpang dari HII agak awal.[55]

Trajektori evolusi RNase H2 dalam eukariot, terutamanya mekanisme di mana homolog eukariot menjadi heterotrimer wajib, masih tidak jelas; subunit B dan C tidak mempunyai homolog yang jelas dalam prokariot.[2][26]